Nació en Azpeitia (País Vasco) en 149. Era el más joven de los ocho hijos y tres hijas de una noble familia. Ignacio deseaba dedicarse a las armas, luchó contra los franceses en el norte de Castilla. Pero su breve carrera militar terminó abruptamente cuando una bala de cañón le rompió la pierna durante la lucha. Fue enviado de vuelta a su casa donde pasó varios meses recuperándose. Allí fue donde, leyendo la vida de Cristo y de los santos, se decidió por dedicar su vida a Dios.
Ya recuperado, peregrinó al santuario de Monserrat y luego viajó a Tierra Santa. Fueron años de oración y maduración espiritual. A su regreso, fue a París a formarse en teología.
En 1534, Ignacio obtuvo el título de maestro en artes de la Universidad de París. Por aquella época se unieron algunos estudiantes de teología: Pedro Fabro, Francisco Javier entre otros. Éstos hicieron votos de castidad, pobreza y de predicar el Evangelio a Palestina, y si esto último resultaba imposible, de ofrecerse al Papa para que los emplease en el servicio de Dios cómo y dónde mejor lo juzgase.
Paulo III aprobó la Compañía de Jesús en1540. Ignacio fue elegido primer general de la nueva orden.
Una de las obras más fecundas de San Ignacio fue el libro de los "Ejercicios Espirituales". Empezó a escribirlo en Manresa y, lo publicó en Roma, en 1548, con la aprobación del Papa. Si bien las reglas y consejos que da el santo en su obra se hallan diseminados en las obras de los Padres de la Iglesia, San Ignacio tuvo el mérito de ordenarlos metódicamente y formularlos con perfecta claridad. El fin específico de los Ejercicios es llevar al hombre a un estado de serenidad y despego terrenal para que pueda elegir "sin dejarse llevar por el placer o la repugnancia. Así, el principio que guía la elección es únicamente la consideración de lo que más conduce a la gloria de Dios y a la perfección del alma".
Durante los 15 años que duró el gobierno de San Ignacio, la orden aumentó de diez a mil miembros y se extendió en nueve países europeos, en la India y en Brasil.
Murió súbitamente el 31 de julio de 1556.